Endonükleaz
Endonükleazlar bir polinükleotit zincirindeki fosfodiester bağını kesen enzimlerdir. Buna karşın eksonükleazlar polinükleotit zincirinin sadece en ucundaki fosfodiester bağını keser. Doğada endonükleazlar çeşitli hücresel işlevlere sahiptir. Bu enzimlerin bazıları moleküler biyoloji laboratuvarlarında birer araç olarak da kullanılır.
Türleri
Endonükleazların kimi RNA, kimi DNA'yı keser. Bazılarının 5' fosfomonoesterli bir ürün meydana getirir, bazısı 3' fosfomonoesterli bir ürün meydana getirir
Restriksiyon endonukleazları (restriksiyon enzimleri) DNA'yı spesifik konumlarda keser. Bu enzimler genetik mühendislikte kullanılır, elde edilen rekombinant DNA bakteri, hayvan veya bitki hücrelerine sokulur. Restriksiyon endonukleazları tanıdıkları dizinin neresinde kestiklerine bağlı olarak Tip I, Tip II ve Tip III olarak gruplandırılırlar. Tip I enzimler tanıdıkları diziden uzakta (en az 1000 baz çifti) bir yerdeki DNA'yı keserler. Tip II enzimleri aynı diziyi tanır ve keserler. Tip III enzimler ise tanıdıkları diziden 20-30 baz çifti uzakta bir konumda keserler.
DNA tamirinde etki eden deoksiribonükleazlardan (DNazlardan) biri yalnızca timidin dimerlerini tanır ve bunları kesip çıkarır, bir diğeri ise bazsız nükleotitleri kesip çıkarır.
Bazi endon]kleazlar belli bir DNA şeklini spesifiktir. Örneğin, DNaz X substrat olarak süpersarımlı DNA'ya tercih gösterir. Krosover bağlantı endonükleazı ise Holliday bağlantısı'nın ayrışmasını sağlar.
RNA üzerine etki edenler endoribonükleaz olarak da adlandırılır. Bazı ribonükleazlar diziye spesifik olarak RNA'yı keserler. Örneğin RNaz T1, eşleşmemiş G kalıntılarının 3' tarafını keser. RNaz H çift sarmallı RNA'yı keser, bu özelliği hücrenini viral RNA'ya karşı korunmasına yarar.
Bazı RNazlar hücredeki RNA'ların işlenmesinde kullanılır, örneğin RNaz III, pre-ribozomal RNA ve pre-miRNA'yı keserek bunlardan olgun ürünlerin meydana gelmesini sağlar.
Endonükleazların bazıları sadece çift ipliklikçikli, bazıları sadece tek iplikli, bazıları ise her iki tip nükleik asitleri keser. RNaz H gibi kimi nükleazlar DNA-RNA hibritlerinde sadece bir tip nükleik asidi sindirip öbürünü bırakır.