Arthrobacter agilis

Arthrobacter agilis Arthrobacter cinsinden bir fizokrotrofik bakteri. Anktarktik deniz buzlarında ve göl sularında bulunur.[3][4][5][6][7] Arthrobacter agilis dimetilhekzadesilamin ve karotenoid üretir.[8][9] Açık gri rengine sahiptir.

Arthrobacter agilis
Bilimsel sınıflandırma
Âlem: Bakteri
Şube: Actinobacteria
Sınıf: Actinobacteria
Takım: Actinomycetales
Familya: Micrococcaceae
Cins: Arthrobacter
Tür: A. agilis
İkili adlandırma
Arthrobacter agilis
Koch et al. 1995
Sinonimler

Micrococcus agilis[1][2]

Arthrobacter agilis bitki büyümesini destekler. Soğukta aktif olan hidrolitik enzimler üretir. Hindistan Himalayalar' da bulunan bir buzaltı gölü olan Pangong Gölü' nde izole edilmiştir.[10] Genom anlizleri canlının metablik çok yönlülüğünü gösteren genlerin ortaya çıkmasını sağladı. Bu genler arasında soğuk şoku adaptasyonu, çeşitli yapısal ve ,bitki temelli karbon polimerleri gibi, deposal polisakkaridlerin biyosentezi ve kullanımını gösteren genler vardır. Arthrobacter agilis suş L77 genomu 3,608,439 baz çifti (3.60 Mb) boyutunda bir dairesel kromozomdan ibarettir. of a circular chromosome. Genom 3316 protein kodlayan gen, 74 RNA geni, 725 hipotetik gen, 25 yalancı gen ve 1404 eşsiz gen içerir.[11] Hidrolitik enzimleri ve soğuk şok proteinleri adayları genomda tespit edilmiştir. Arthrobacter agilis suş L77 gelecek vadeden biyolojik projelerde antifriz proteinlerin, işlevsel enzimlerin ve diğer biyoaktif moleküllerin bir kaynağı olarak hizmet edecektir.[12]

Arthrobacter agilis eskiden micrococcus cinsi içinde M. agilis (Ali-Cohen 1889) adı ile anılırdı ve bu cinsin içinde flegallası olan tek türdü (bu durum Micrococcus' ların hareketsiz olmalarını iyi açıklar). Flegallanın varlığı 1889' da Friedrich Loeffler tarafından kendisinin boyama metodu ile gösterilmiştir. Flegalla canlının kendi yarıçapından 4-5 kat daha uzundu.

Yeniden sınıflandırma

16S rRNA analizleri ile yapılan fenotipik çalışmalar sonuçları "Micrococcus agilis" DSM 20550 suşunun micrococcus (Micrococcus luteus) ile olan ilişkisinin Arthrobacter (Arthrobacter globiformis) suş tipleri ve bu cinsin diğer türleri ile olduğundan daha az ilişkili olduğunu ortaya çıkardı. Bu türün Arthrobacter cinsi içinde sınıflandırılması gerektiği peptidoglikan ve A3-alfa fenotiplerinin varlığı ile, Arthrobacter suşlarının bir karakteristik özelliği olan, ana izoprenoid olarak MK-9 (H2) barındırması göz önüne alınararak onaylandı. Türün morfolojik yaşam döngüsü üzerinde çalışılmamış olmasına karşın (yani bu konuda bir veri olmamasına rağmen) bu yeniden sınıflandırma gerçekleşmiştir.

Suşlar

Tip suşlar: 28(3), A.C. Baird-Parker 97, AJ 3960, ATCC 966,CCM 2390, CCTM La 2977, CCUG 33025, CIP 81.67, CIP 81.67T, DSM 20550, Hao HK 961, IAM 12848, IFO 15260, IFO 15319, IMET 11266, IMSNU 11061, JCM 2584, Jeffries W.O. 219, Jeffries WO 219, KCTC 3200, L. Jeffries W.O.219, Levine 28(3), LMG 14213, LMG 17244, M. Levine 28 /3/, NBRC 15260, NBRC 15319, NCDO 983, NCFB 983, NCIMB 700983, NCTC 7509, VKM B-19723, VKM B-1973, VTT E-052921, W.O. 219[13]

Konuyla ilgili yayınlar
  • George M. Garrity (2012). Bergey's manual of systematic bacteriology (2nd bas.). New York: Springer Science + Business Media. ISBN 0387682333.
  • Naveen Kumar Arora (2013). Plant microbe symbiosis : fundamentals and advances. New Delhi: Springer. ISBN 8132212878.
  • Koki Horikoshi (2011). Extremophiles handbook. Tokyo: Springer. ISBN 4431538976.

Kaynakça
  1. Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen 15 Ağustos 2018 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.
  2. "ATCC". 15 Ağustos 2018 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 15 Ağustos 2018.
  3. Ulber, vol. ed. Yves Le Gal ; Roldand (2005). Marine biotechnology ([Standing order]. bas.). Berlin: Springer. ISBN 3-540-25669-5.
  4. Miller, edited by Robert V.; Whyte, Lyle G. (2012). Polar microbiology : life in a deep freeze. Washington, DC: ASM Press. ISBN 1-55581-604-5.CS1 maint: Extra text: authors list (link)
  5. editors, Antonio Ventosa, Aharon Oren, Yanhe Ma, (2011). Halophiles and hypersaline environments current research and future trends. Berlin: Springer. ISBN 3-642-20198-9.
  6. Atlas, edited by Asim K. Bej, Jackie Aislabie, Ronald M. (2010). Polar microbiology the ecology, biodiversity, and bioremediation potential of microorganisms in extremely cold environments. Boca Raton: Taylor & Francis. ISBN 1-4200-8388-0.CS1 maint: Extra text: authors list (link)
  7. "UniProt". 15 Ağustos 2018 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 15 Ağustos 2018.
  8. Velázquez-Becerra, C; Macías-Rodríguez, LI; López-Bucio, J; Flores-Cortez, I; Santoyo, G; Hernández-Soberano, C; Valencia-Cantero, E (Aralık 2013). "The rhizobacterium Arthrobacter agilis produces dimethylhexadecylamine, a compound that inhibits growth of phytopathogenic fungi in vitro". Protoplasma. 250 (6). ss. 1251-62. doi:10.1007/s00709-013-0506-y. PMID 23674267.
  9. Kim, edited by Se-Kwon (2013). Marine biomaterials characterization, isolation, and applications. Boca Raton: Taylor & Francis. ISBN 1-4665-0565-6.CS1 maint: Extra text: authors list (link)
  10. Yadav, Ajar Nath; Sachan, Shashwati Ghosh; Verma, Priyanka; Tyagi, Satya Prakash; Kaushik, Rajeev; Saxena, Anil K. (5 Kasım 2014). "Culturable diversity and functional annotation of psychrotrophic bacteria from cold desert of Leh Ladakh (India)". World Journal of Microbiology and Biotechnology (İngilizce). 31 (1). ss. 95-108. doi:10.1007/s11274-014-1768-z. ISSN 0959-3993. 15 Ağustos 2018 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 15 Ağustos 2018.
  11. Singh, Ram N.; Gaba, Sonam; Yadav, Ajar N.; Gaur, Prakhar; Gulati, Sneha; Kaushik, Rajeev; Saxena, Anil K. (1 Ocak 2016). "First high quality draft genome sequence of a plant growth promoting and cold active enzyme producing psychrotrophic Arthrobacter agilis strain L77". Standards in Genomic Sciences. Cilt 11. s. 54. doi:10.1186/s40793-016-0176-4. ISSN 1944-3277. PMC 5000428 $2. PMID 27570579. This content is available under the Creative Commons Attribution License 4.0.
  12. "Bacterial diversity of cold deserts and mining of genes for low temperature tolerance (PDF Download Available)". ResearchGate (İngilizce). doi:10.13140/rg.2.1.2948.1283/2.
  13. "Straininfo of Arthrobacter agilis". 11 Ekim 2016 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 15 Ağustos 2018.

Dış bağlantılar
This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.