Matrix serisi içindeki program ve makine listesi
Ajanlar
Bu alt başlığın ana maddesi: Ajanlar (Matrix)
Ajanlar Matrix içinde bulunan yapay zekâlı programlardır. Gerçek dünyadan gelenleri teşhis edip yok etmek, son insan şehri Zion'a ulaşmak için gerekli erişim kodlarını elde etmek, anormallikleri gidermek ve Matrix'in gerçek dünya olmadığını ortaya çıkaracak her şeye karşı koymak için programlanmışlardır.
İlk ajanlar
Üç ajan; ilk film The Matrix'de filmin hemen başında tanıştığımız, siyah takım elbise ve gözlükleriyle. İçlerinden Ajan Smith'i serinin kalan filmlerinde de yer aldı.
Ajan Brown
Ajan Brown (Paul Goddard), serinin ilk filminde (The Matrix) Trinity'yi filmin başında çatıda kovalayan ajandır. İlk filmin sonunda Ajan Smith'in yok olmasından sonra bir daha gözükmez. İkinci filmden itibaren makineler ajanları(n sürümlerini) yükseltmişlerdir. Bundan sonra yeni nesil ajanları görürüz. Ajan Brown kaynağa geri gönderilip, sürümü yükseltilmiş ya da silinmiştir.
Ajan Jones
Agent Jones (Robert Taylor) ilk filmin ünlü tanıtım sahnesinde de yer alan, Neo ile bir ajanın ilk kez savaştıkları sahnede oynayan ajandır (Bu sahnede yeni çekim teknikleri kullanılarak Neo'nun en az ajanlar kadar hızlı hareket edip kurşunlardan kurtulması izlenir). Ajan Jones'un da kaynağa geri dönmesi, sürümünün yükseltilmesi ya da silinmesi kuvvetle muhtemeldir.
Ajan Smith
Bu alt başlığın ana maddesi: Ajan Smith
Ajan Smith (ilk film) The Matrix'te Ajan Brown ve Jones'u Nebuchadnezzar'ın tayfası ele geçirme görevini idare eden programdır. Bu ilk filmde Neo tarafından parçalanmıştır. Lâkin yok edilmek üzere kaynağa döneceğine sürgün olmayı seçmiş ve Matrix'de anormallik yaratmıştır. İkinci filmden itibaren bir ajan değildir, kendini diğer program ve insanlara kopyalayan virüs hâline gelmiştir. Kâhin'e göre Neo'nun dengeleyecisidir yani zıddıdır.
Yeni nesil ajanlar
İkinci filmle birlikte ajanları(n sürümlerini) yükseltilmiştir. Artık daha kaslı yapılı ve eski (sürümler)ine göre daha kuvvetlidirler. İkinci filmin başındaki çarpışmada yeni sürüm oldukları ve yenmenin zor oldukları anlaşılır.
Ajan Johnson
Ajan Johnson (Daniel Bernhardt), yeni nesil ajanların lideridir. Sadece ikinci filmde yer alır. Karşılaştırma yapılacak olursa Ajan Smith'den daha başarılı olduğu kabul edilmelidir. Morpheus ile otoyolda savaşmış ve Morpheus'a karşı üstünlük kurmuştur