Protein dizileme
Protein dizileme, bir protein veya peptidin tamamının veya bir kısmının amino asit dizisini belirlemenin pratik işlemidir. Bu işlem, proteini tanımlamayı veya onun translasyon sonrası modifikasyonlarını karakterize etmeyi sağlayabilir. Tipik olarak, bir proteinin kısmi dizilimi, genlerin kavramsal çevirisinden türetilen protein dizilerinin veri tabanlarına referansla onu tanımlamak için yeterli bilgi (bir veya daha fazla dizi etiketi) sağlar.
Protein dizilemesinin iki ana doğrudan yöntemi, kütle spektrometrisi ve bir protein dizileyici kullanarak Edman bozunmasının uygulanmasıdır. Kütle spektrometrisi yöntemleri şu anda protein dizileme ve tanımlamada en yaygın kullanılan yöntemdir, ancak Edman bozunması bir proteinin <i id="mwEw">N-</i> sonunu karakterize etmek için değerli bir araç olmaya devam etmektedir.
Biyoinformatik araçlar
Kütle spektrumlarının yorumlanmasına (bkz. De novo peptid dizileme ), protein dizilerini karşılaştırmaya veya analiz etmeye (bkz. Dizi analizi) veya peptit veya protein dizilerini kullanarak veri tabanlarını araştırmaya (bkz. BLAST) yardımcı olmak amacıyla çeşitli biyoinformatik araçlar mevcuttur.
Kaynakça
Konuyla ilgili yayınlar
- Steen H, Mann M (Eylül 2004). "The ABC's (and XYZ's) of peptide sequencing". Nature Reviews Molecular Cell Biology. 5 (9): 699-711. doi:10.1038/nrm1468. PMID 15340378.