Faj gösterimi

Faj gösterimi, proteinleri kodlayan genetik bilgilerle proteinleri birbirine bağlamak için bakteriyofajları (bakterileri enfekte eden virüsler) kullanan protein-protein, protein-peptit ve protein-DNA etkileşimlerinin incelenmesi için bir laboratuvar tekniğidir.[1] Bu teknikte, ilgilenilen bir proteini kodlayan bir gen, bir faj kapsit proteini genine eklenir. Bu durumda faj, proteinin genini içeride barındırırken, proteini dış tarafında da "gösterir". Böylece genotip ile fenotip arasında bir bağlantı kurulmuş olur. Proteini görüntüleyen fajlar daha sonra, görüntülenen protein ile diğer moleküller arasındaki etkileşimi saptamak için diğer proteinlere, peptidlere veya DNA dizilerine karşı taranabilir. Bu şekilde, büyük protein kütüphaneleri, doğal seçilim ile benzer olan in vitro seçilim adı verilen bir süreçte taranabilir ve çoğaltılabilir.

Faj görüntüleme döngüsü. 1) bir viral kılıf proteini evrimleştirilecek gen (tipik olarak bir antikor fragmanı) ile beraber füzyon proteinleri halinde bakteriyofajda ifade edilir. 2) faj kitaplığı, hareketsizleştirilmiş bir hedef üzerinde yıkanır. 3) kalan yüksek afiniteli bağlayıcılar bakterileri enfekte etmek için kullanılır. 4) yüksek afiniteli bağlayıcıları kodlayan genler izole edilir. 5) bu genler rastgele mutasyonlara sahip olabilir ve başka bir evrim turu gerçekleştirmek için kullanılmış olabilir. Seçim ve amplifikasyon adımları, daha yüksek afiniteli bağlayıcıları izole etmek için daha yüksek sıklıkta birçok kez gerçekleştirilebilir.

Faj gösteriminde kullanılan en yaygın bakteriyofajlar M13 ve fd filamentli fajdır,[2][3] ancak T4,[4] T7 ve λ faj da kullanılmıştır.

Kaynakça

Smith GP (Haziran 1985). "Filamentous fusion phage: novel expression vectors that display cloned antigens on the virion surface". Science. 228 (4705): 1315-7. doi:10.1126/science.4001944. PMID 4001944.
"Phage Display". Chem. Rev. 97 (2): 391-410. Nisan 1997. doi:10.1021/cr960065d. PMID 11848876.
"Filamentous phage display in the new millennium". Chem. Rev. 105 (11): 4056-72. Kasım 2005. doi:10.1021/cr000261r. PMID 16277371.
"A bipartite bacteriophage T4 SOC and HOC randomized peptide display library: detection and analysis of phage T4 terminase (gp17) and late sigma factor (gp55) interaction". J Mol Biol. 319 (2): 289-304. 2002. doi:10.1016/S0022-2836(02)00298-X. PMID 12051907.

Konuyla ilgili yayınlar

Ledsgaard L, Kilstrup M, Karatt-Vellatt A, McCafferty J, Laustsen AH (2018). "Basics of antibody phage display technology" (PDF). Toxins. 10 (6): 236. doi:10.3390/toxins10060236. PMC 6024766 $2. PMID 29890762.
Selection Versus Design in Chemical Engineering
The ETH-2 human antibody phage library
Sidhu SS, Lowman HB, Cunningham BC, Wells JA (2000). "Phage display for selection of novel binding peptides". Meth. Enzymol. Methods in Enzymology. 328: 333-63. doi:10.1016/S0076-6879(00)28406-1. ISBN 9780121822293. PMID 11075354.

This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.

[Smith_1985-1] Smith GP (Haziran 1985). "Filamentous fusion phage: novel expression vectors that display cloned antigens on the virion surface". Science. 228 (4705): 1315-7. doi:10.1126/science.4001944. PMID 4001944.

[pmid11848876-2] "Phage Display". Chem. Rev. 97 (2): 391-410. Nisan 1997. doi:10.1021/cr960065d. PMID 11848876.

[pmid16277371-3] "Filamentous phage display in the new millennium". Chem. Rev. 105 (11): 4056-72. Kasım 2005. doi:10.1021/cr000261r. PMID 16277371.

[Malys_2002-4] "A bipartite bacteriophage T4 SOC and HOC randomized peptide display library: detection and analysis of phage T4 terminase (gp17) and late sigma factor (gp55) interaction". J Mol Biol. 319 (2): 289-304. 2002. doi:10.1016/S0022-2836(02)00298-X. PMID 12051907.