Rhodobacter capsulatus

Rhodobacter capsulatus, fotosentez yoluyla enerji elde edebilen bir grup bakteri olan mor bakteri türüdür.  Adı Latince sıfat "capsulatus" ("bir kafes ile", "kapsüllenmiş"), kendisi türetilmiş olan Latince isim "capsula" ("küçük bir kutu veya kafes" anlamına gelir) ve eril isimler için olan Latin son eki,  "-atus" (bir şeyin başka bir şeyle "sağlandığını" belirtir) üzerinden türetilmiştir.

Rhodobacter capsulatus
Bilimsel sınıflandırma
Âlem: Bacteria
Alt âlem: Proteobacteria
Sınıf: Alphaproteobacteria
Takım: Rhodobacterales
Familya: Rhodobacteraceae
Cins: ''Rhodobacter''
Tür: '''''R. capsulatus'''''
İkili adlandırma
''Rhodobacter capsulatus''
(Molisch 1907) Imhoff et al. 1984[1]
Tip tür
ATCC 11166, ATCC 17015, ATH 2.3.1, BCRC 16406, C10, CCRC 16406, CCTM 1913, CCUG 31484, CGMCC 1.2359, CGMCC 1.3366, CIP 104408, DSM 1710, Ewart C10, HMSATH.2.3.1, IAM 14232, IFO 16435, JCM 21090, KCTC 2583, LMG 2962, NBRC 16435, NCIB 8254, NCIMB 8254, van Niel ATH.2.3.1, van Niel ATH.2.3.1.[2]
Sinonimler [3]

Rhodopseudomonas capsulata

Tam genomu dizilenmiştir ve halka açıktır.[4][5]

Keşif

Rhodobacter capsulatus'un keşfi, Çek-Avusturya botanikçisi Hans Molisch'e atfedilmektedir. Mikroorganizma daha sonralarda Rhodonostoc capsulatum olarak adlandırılmıştır ve 1907 yılında Die Purpurbakterien nach neuen Untersuchungen adlı kitabında tanımlanmıştır.[6] Daha sonra C. B. van Niel 1944'te Rhodopseudomonas capulata olarak yeniden isimlendirilen türü daha da karakterize etti. Van Niel başlangıçta Kaliforniya ve Küba'da toplanan çamur örneklerinden kültür alabildiği 16 R. capsulata suşunu tanımladı.[7] 1984 yılında türler, Rhodobacter cinsinin tanıtılmasıyla Rhodobacter capsulatus olarak yeniden sınıflandırılmıştır. Bu cins, Rhodopseudomonas cinsinin türlerini R. capsulatus ve R. sphaeroides gibi veziküler intrasitoplazmik membranları (hücrede sıklıkla fotosenteze dahil olan zara bağlı bölmeler)[8] olanlar gibi belirgin morfolojik farklılıklar ile daha iyi ayırt etmek için tanıtıldı.

Ekoloji

Bu bakteri doğal su kaynakları veya kanalizasyon gibi sulu ortamları tercih eder.[6][9] R. capsulatus ABD ve Küba'dan tecrit edilmiştir.[10] Başlangıçta, bu bakteriler laboratuvardan numunelerini RCVBN (DL-malik asit, amonyum sülfat, biyotin, nikotinik asit, eser elementler ve bazı ilave bileşikler) ortamına yerleştirerek ve anaerobik olarak bol ışıkla inkübasyon ile büyütülebilir. Bu plakalar üzerindeki koloniler daha sonra izole edilebilir, saf kültürde büyütülebilir ve R. capsulatus olarak tanımlanabilir.[9] Genomunun dizilimi ile, RNA ve DNA dizilimi artık bu türü tanımlamak için kullanılabilir.[5][11]

Önem

Rhodobacter capsulatus, gen aktarım maddesi(GTA, GAM) ürettiği gözlemlenen ilk mikroorganizma idi. Yatay gen transferine yardımcı olmak için, GAM'ı üreten hücrenin kromozomundan küçük miktarlarda DNA aktaran faj benzeri bir partiküldür. Parçacıklarda bulunan DNA da rastgeledir; GAM üretimi için gereken tüm genleri içermez. Bir transdüksiyon partikülüne biraz benzemekle birlikte, bir faj DNA'yı viral partiküllere gönderirken GAM'lar kazara oluşmaz. GAM'lar için genler ve bunların düzenlenmesi, bir faj tarafından değil, hücrenin kendisi tarafından kontrol edilir.[12] Bu parçacıklar ilk olarak, araştırmacılar R. capsulatus'un birkaç farklı antibiyotiğe dirençli suşunu koydukları birlik kültüründe çift dirençli suşlar gözlemlediklerinde tanımlandı. Bu DNA değişimi hücre teması ortadan kaldırıldığında ve konjugasyon, transformasyonu engellenmesinde etkili olan DNaz eklendiğinde bile gözlenmiştir. Küçük bir filtrelenebilir madde bu hızlı genetik değişimin kaynağı olarak tanımlandı.[13] Bu maddeleri aşırı üreten bir mutant suş oluştuğunda, parçacıkların bir faj tarafından değil, R. capsulatus tarafından üretildiği kanıtlanmıştır.[14] GAM üretimi için gen diziliminden sonra, GAM'lar ürettiği öğrenilen daha fazla tür bulunması Rhodobacter capsulatus’un gen transfer maddesinin RcGTA olarak kısaltılmasına yol açtı.[12] Hücrenin, sert koşullarda genomik DNA'nın paylaşılmasına izin vereceği ve popülasyonun genel genetik çeşitliliğini artıracak olan GAM üretmeye başlayabileceği öne sürülmüştür.[15]

Kaynakça
  1. Imhoff, J. F.; Truper, H. G.; Pfennig, N. (1 Temmuz 1984). "Rearrangement of the Species and Genera of the Phototrophic "Purple Nonsulfur Bacteria"". International Journal of Systematic Bacteriology. 34 (3). ss. 340-343. doi:10.1099/00207713-34-3-340. Geçersiz |doi-access=free (yardım)
  2. "Rhodobacter capsulatus (taxon passport)". StrainInfo. 16 Aralık 2013 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 8 Aralık 2015.
  3. "Rhodobacter capsulatus (Rhodopseudomonas capsulata)". UniProt. 4 Mayıs 2013 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 8 Aralık 2015.
  4. Strnad, H.; Lapidus, A.; Paces, J.; Ulbrich, P.; Vlcek, C.; Paces, V.; Haselkorn, R. (23 Nisan 2010). "Complete Genome Sequence of the Photosynthetic Purple Nonsulfur Bacterium Rhodobacter capsulatus SB 1003". Journal of Bacteriology. 192 (13). ss. 3545-3546. doi:10.1128/JB.00366-10. PMC 2897665 $2. PMID 20418398.
  5. "KEGG GENOME: Rhodobacter capsulatus". Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes. 12 Mayıs 2012 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 8 Aralık 2015.
  6. Molisch H (1907). Die Purpurbakterien nach neuen Untersuchungen.
  7. van Niel CB (Mart 1944). "The Culture, General Physiology, Morphology, and Classification of the Non-Sulfur Purple and Brown Bacteria". Bacteriological Reviews. 8 (1). ss. 1-118. doi:10.1128/MMBR.8.1.1-118.1944. PMC 440875 $2. PMID 16350090.
  8. LaSarre B, Kysela DT, Stein BD, Ducret A, Brun YV, McKinlay JB (Temmuz 2018). "Restricted Localization of Photosynthetic Intracytoplasmic Membranes (ICMs) in Multiple Genera of Purple Nonsulfur Bacteria". mBio. 9 (4). doi:10.1128/mbio.00780-18. PMC 6030561 $2. PMID 29970460.
  9. Weaver PF, Wall JD, Gest H (Kasım 1975). "Characterization of Rhodopseudomonas capsulata". Archives of Microbiology. 105 (3). ss. 207-16. doi:10.1007/BF00447139. PMID 1103769.
  10. Pujalte MJ, Lucena T, Ruvira MA, Arahal DR, Macián MC (2014). "The Family Rhodobacteraceae". The Prokaryotes. Springer Berlin Heidelberg. ss. 439-512. doi:10.1007/978-3-642-30197-1_377. ISBN 978-3-642-30196-4.
  11. Strnad H, Lapidus A, Paces J, Ulbrich P, Vlcek C, Paces V, Haselkorn R (Temmuz 2010). "Complete genome sequence of the photosynthetic purple nonsulfur bacterium Rhodobacter capsulatus SB 1003". Journal of Bacteriology. 192 (13). ss. 3545-6. doi:10.1128/JB.00366-10. PMID 20418398. 13 Nisan 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 11 Mayıs 2020.
  12. Lang AS, Zhaxybayeva O, Beatty JT (Haziran 2012). "Gene transfer agents: phage-like elements of genetic exchange". Nature Reviews. Microbiology. 10 (7). ss. 472-82. doi:10.1038/nrmicro2802. PMC 3626599 $2. PMID 22683880.
  13. Marrs B (Mart 1974). "Genetic recombination in Rhodopseudomonas capsulata". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 71 (3). ss. 971-3. Bibcode:1974PNAS...71..971M. doi:10.1073/pnas.71.3.971. PMC 388139 $2. PMID 4522805.
  14. Yen HC, Hu NT, Marrs BL (Haziran 1979). "Characterization of the gene transfer agent made by an overproducer mutant of Rhodopseudomonas capsulata". Journal of Molecular Biology. 131 (2). ss. 157-68. doi:10.1016/0022-2836(79)90071-8. PMID 490646.
  15. Lang AS, Beatty JT (Ocak 2000). "Genetic analysis of a bacterial genetic exchange element: the gene transfer agent of Rhodobacter capsulatus". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 97 (2). ss. 859-64. Bibcode:2000PNAS...97..859L. doi:10.1073/pnas.97.2.859. PMC 15421 $2. PMID 10639170.
This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.